5 Hands-on Session 2
Mengelola dan memproses data NGS
| Topik | Deskripsi | Tanggal | Waktu |
|---|---|---|---|
| 🧬 Hands-on Session 2: Mengelola dan memproses data NGS | Pelajari manajemen environment dengan conda, gunakan command-line tools untuk melakukan quality control pada data ONT, serta melakukan analisis genomik lanjutan menggunakan EPI2ME. | Jumat, 2 Mei 2025 | 13:15 - 16:15 |
5.1 Latar Belakang
Next Generation Sequencing (NGS) telah merevolusi penelitian biologi dengan memungkinkan pengurutan DNA dalam jumlah besar secara cepat dan akurat. Dalam sesi kali ini, kita akan belajar bagaimana mengelola data hasil sekuensing, dari mulai mempersiapkan lingkungan kerja, melakukan quality control, hingga melakukan analisis lanjutan menggunakan platform berbasis web.
5.2 Waktu dan Tempat
🗓️ Hari/Tanggal: Jumat, 2 Mei 2025
🕘 Waktu: 13.15 – 16.15 WIB
📍 Tempat: Ruang Sidang Atas, Gedung A, Lantai 3, Fakultas Biologi, UGM
5.3 Prasyarat
Sebelum mengikuti sesi hands on, kamu harus terlebih dahulu membuat akun GitHub dan menginstall Visual Studio Code.
5.4 Slide Presentasi Pembicara
5.5 Tutorial 1: Memahami DNA Sequencing dengan NGS
5.5.1 Next Generation Sequencing (NGS) - Oxford Nanopore Technology
NGS memungkinkan pembacaan jutaan fragmen DNA secara paralel. Oxford Nanopore Technologies (ONT) menggunakan teknologi berbasis pori nanopore untuk membaca urutan nukleotida secara langsung tanpa perlu amplifikasi.
5.5.2 Jenis-jenis DNA Sequencing dengan NGS
- Short-read sequencing: seperti Illumina
- Long-read sequencing: seperti Oxford Nanopore dan PacBio
5.5.3 Pemrosesan Dasar Data Sekuens DNA dari NGS
- Basecalling (mengubah sinyal ke urutan nukleotida)
- Quality Control (menilai kualitas hasil sekuensing)
- Filtering dan trimming (membersihkan data)
- Alignment/assembly (menyusun kembali urutan DNA)
5.6 Tutorial 2: Menggunakan Tools Berbasis CLI - QC dengan NanoPlot
5.6.1 CLI vs GUI
- CLI (Command Line Interface) lebih fleksibel dan bisa diotomatisasi.
- GUI (Graphical User Interface) cocok untuk pemula tapi biasanya kurang efisien untuk batch processing.
5.6.2 Cara mengakses CLI (Terminal/WSL)
- Di Windows, bisa gunakan WSL (Windows Subsystem for Linux) atau Git Bash
- Di macOS/Linux, bisa langsung gunakan Terminal
5.6.3 Manajemen environment dengan Conda dan melakukan QC NGS
Buat codespace dari repositori berikut: https://github.com/igf-genome-org/igf-primers-hands-on
5.7 Tutorial 3: Menggunakan Tools Berbasis GUI - Analisis Lanjutan dengan EPI2ME
5.7.1 EPI2ME dan Workflow yang Tersedia
EPI2ME (https://labs.epi2me.io/) adalah platform berbasis web dari ONT untuk menganalisis data NGS dengan interface yang ramah pengguna. Beberapa workflow populer:
- wf-bacterial-genomes
- wf-16s
- wf-metagenomics
5.7.2 Contoh Penggunaan wf-16s
Workflow ini digunakan untuk mengidentifikasi mikroorganisme berdasarkan urutan gen 16S rRNA.
- Upload file FASTQ hasil sequencing 16S
- Pilih wf-16s dan jalankan
- Tunggu proses analisis selesai
5.7.3 Cara Membaca Output Analisis wf-16s
- Ringkasan taksonomi: genus dan spesies dominan
- Visualisasi komposisi mikrobioma
- Statistik jumlah bacaan per takson
5.8 Penutup
Dengan memahami cara kerja dasar NGS dan praktik QC serta analisis, peserta diharapkan dapat lebih percaya diri mengelola dan memproses data sequencing dari proyek mereka sendiri. Sesi ini membuka jalan untuk eksplorasi lebih lanjut di bidang bioinformatika.