6  Hands-on Session 3

Analisis dan visualisasi data dengan Python/R

Topik	Deskripsi	Tanggal	Waktu
🔍 Hands-on Session 3: Analisis dan visualisasi data dengan Python/R	Pelajari cara mengimpor data, tabulasi statistik deskriptif, dan membuat visualisasi berkualitas untuk publikasi ilmiah.	Jumat, 9 Mei 2025	13:15 - 16:15

6.1 Latar Belakang

Kemampuan untuk menganalisis dan memvisualisasikan data secara efektif merupakan keterampilan penting dalam riset biologi modern, terutama dengan semakin melimpahnya data dari teknologi seperti Next Generation Sequencing (NGS). Dalam sesi ini, peserta akan mempelajari dasar-dasar analisis data menggunakan Python atau R, mulai dari mengimpor dan membersihkan data, melakukan tabulasi statistik deskriptif, hingga membuat visualisasi yang informatif dan layak publikasi. Pendekatan ini dirancang untuk membantu peserta memahami cara menyajikan data biologis secara ringkas dan menarik untuk mendukung interpretasi dan komunikasi ilmiah.

6.2 Waktu dan Tempat

Important

🗓️ Hari/Tanggal: Jumat, 9 Mei 2025
🕘 Waktu: 13.15 – 16.15 WIB
📍 Tempat: Ruang Sidang Atas, Gedung A, Lantai 3, Fakultas Biologi, UGM

6.3 Prasyarat

Important

Sebelum mengikuti sesi hands on, kamu harus terlebih dahulu membuat akun GitHub dan menginstall Visual Studio Code.

6.4 Slide Presentasi Pembicara

6.5 Sesi Hands On

Pada sesi sebelumnya, kita telah membuat codespace dari repository berikut: https://github.com/igf-genome-org/igf-primers-hands-on. Anda dapat mengakses kembali codespace tersebut dari laman https://github.com/codespaces dan membukanya via VS Code. Jika codespace tidak ditemukan, silahkan membuat codespace baru untuk repository tersebut.

Laman Codespace.

Setelah anda berhasil masuk ke dalam interface codespace, buka terminal dan update repository anda:

git fetch
git status
git pull

Baca lagi instruksi yang tersedia di file README.md, kemudian buat conda environment dengan cara:

conda env create -f env.yml

# atau jika conda environment sudah ada, update dengan cara
# conda env update -f env.yml

Aktifkan environment dan inisiasi sesi jupyter:

conda activate igf-primers
jupyter lab

6.6 Mengkonversi Jupyter Notebook menjadi Markdown dan format lainnya

jupyter nbconvert --execute --to markdown <notebook anda>.ipynb

File markdown yang sudah dibuat dapat kemudian di tambahkan sebagai laman blog di website pribadi.